Bioinformatiker (m/w/d)

Über uns

Das Leibniz-Institut für Gartenbauwissenschaften (IGZ) betreibt exzellente pflanzenwissenschaftliche Grundlagenforschung für die Anwendung im Gartenbau mit Schwerpunkt Gemüse und der Nutzung pflanzlicher Diversität. Das IGZ ist Teil der Leibniz-Gemeinschaft und hat seinen Sitz in Großbeeren. Weitere Informationen finden Sie auf unserer Webseite: www.igzev.de .

Im Institut ist ab dem 01.02.2027, befristet auf zwei Jahre, in der Forschungsgruppe „System Pflanze-Mikroorganismen“ im Rahmen des DFG-geförderten Verbundvorhabens „Vielschichtiger Datenkorpus für KI-Anwendungen in der Mikrobiellen Ökologie“ (MuCoME, Förderung im Rahmen „Wissenschaftliche Literaturversorgungs- und Informationssysteme“ [LIS] der DFG) folgende Stelle zu besetzen:

• Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in (w/m/d) im Bereich Metabarcoding-Datenkuratierung und Bioinformatik
• Kennziffer: 18/2026/2
• Die Vergütung erfolgt entsprechend der Qualifikation und Erfahrung nach dem Tarifvertrag TV-L, bis zur Entgeltgruppe 13, in Teilzeit mit 80 % der regulären Arbeitszeit.

Das Projekt erweitert die Microbial Community Database (MiCoDa, https://micoda.idiv.de/ ) zu einem umfassenden, KI-tauglichen Datenkorpus für die mikrobielle Metabarcoding-Forschung. Gemeinsam mit Partnern am IOW (Warnemünde) und der Hochschule Wismar werden Methoden zur Extraktion und Harmonisierung unstrukturierter Metadaten aus Publikationen sowie zur Kuratierung und Harmonisierung von 16S-rRNA-Metabarcoding-Sequenzdaten entwickelt, mit dem Ziel, MiCoDa auf mindestens 200.000 Proben zu erweitern und den öffentlichen Zugang über MiCoDa, GBIF und ENA zu verbessern.

• Zusammenstellung eines Referenzdatensatzes aus 16S-rRNA-Gen-Metabarcoding-Daten von Mock-Communities aus INSDC-Datenbanken sowie durch strukturierte Literaturrecherche
• Untersuchung, wie technische Entscheidungen die Vergleichbarkeit archivierter Datensätze beeinflussen
• Automatisierung der Kuratierung und Harmonisierung von Metabarcoding-Daten
• Anleitung und Betreuung einer studentischen Hilfskraft bei der Datenkuratierung
• Mitwirkung an der Kommunikation mit der European Nucleotide Archive
• Verfassen wissenschaftlicher Publikationen in internationalen Fachzeitschriften mit Peer-Review und Präsentation der Ergebnisse auf Konferenzen

• eine abgeschlossene Promotion mit bioinformatischem Schwerpunkt oder einem verwandten naturwissenschaftlichen Fach
• Erfahrung in der bioinformatischen Analyse von 16S-rRNA-Metabarcoding-Daten (z. B. dada2) und im Umgang mit öffentlichen Sequenzarchiven (ENA / INSDC)
• Erfahrung mit statistischen Analysen (idealerweise gemischte Modelle) und mit Hochleistungsrechenumgebungen
• Programmierkenntnisse (R und/oder Python) sowie idealerweise Erfahrung mit Workflow-Management
• verhandlungssichere englische Sprachkenntnisse; Kenntnisse in der deutschen Sprache sind von Vorteil
• eine offene, flexible und positive Person, die in einem interdisziplinären, internationalen Team arbeiten kann, aber auch in der Lage ist, die Initiative zu ergreifen

• einen attraktiven Arbeitsplatz an einem modernen Forschungsinstitut für Gartenbauwissenschaften
• ein engagiertes und kompetentes Team und eine anspruchsvolle Tätigkeit an der Schnittstelle von Bioinformatik, Datenmanagement und mikrobieller Ökologie
• die Einbindung in ein Konsortium mit Partnern am IOW und der Hochschule Wismar sowie Anschluss an die NFDI-Konsortien 4Biodiversity und 4Microbiota
• flexible und familiengerechte Arbeitszeitmodelle und die Möglichkeit des mobilen Arbeitens (bis zu 50 % der Arbeitszeit)
• VBL Ost-betriebliche Altersvorsorge im öffentlichen Dienst sowie tarifliche Jahressonderzahlung und 30 Tage Urlaub pro Jahr
• Zuschuss zum Firmenticket für den öffentlichen Nahverkehr oder zum Deutschlandticket